「有給休暇は所定労働時間に含まれるのか」を考える前に、年次有給休暇と休日について整理してみましょう。どちらも休みには違いがないので、普段は経営者の方も社員の方達もあまり意識はしていないかもしれません。ところが、両者には大きな違いがあります。

休日は、労働義務が無い日。
それに対し、有給休暇は、（労働義務が有る日の）労働義務を免除している日。でも、給料は労働した扱いをして支給します、という日です。

まずは１つ目の例です。

【社員Aさん　ある日の勤務状況】
・１日の所定労働時間が８時間
・午前中有給休暇（４時間）
・午後勤務（４時間）
・残業（２時間）

この場合、残業した２時間の取扱いはどうなるでしょうか？
次の３つの中から選んでください。

①残業代の割増賃金（25％）が必要
②そもそも残業代は不要
③残業代は必要だけど割増は不要？

有給休暇は、本来は労働義務が有るにもかかわらず、その義務を免除している日。でも、給料は労働した扱いをして支給します、というのがポイントです。

ここで、残業について補足説明します。
残業には大きく、法定残業と法定外残業（所定残業）があります。

【法定残業】
法定労働時間（１日８時間かつ１週40時間）を超える残業で25％の割増賃金が必要。
中小企業の場合、１日８時間（週5日勤務）としている会社が多く、残業は全て法定残業になる。

【法定外残業（所定残業）】
法定労働時間（１日８時間かつ１週40時間）以内の残業で25％の割増賃金は必要でない。時間分の給料のみの支払いでOK
１日の所定労働時間が７時間（週5日勤務）の会社は、１日１時間までの残業は法定外残業（所定残業）になる。

社員Aさんのある日の勤務状況は、このようになっていました。
・午前中有給休暇（４時間）
・午後勤務（４時間）
・残業（２時間）

①の時間外（残業代）の割増賃金が必要と答えられた方の根拠は、以下ではないでしょうか？
午前中の給料にも給料は発生している。給料をベースに考えると、この日の労働時間は10時間。残業の２時間は法定残業となり25％の割増賃金がかかる。

午前中の有給休暇は労働義務を免除しているわけですから、労働時間にはカウントされません。

であれば、労働時間にカウントされるのは、午後勤務の４時間と残業２時間、計６時間になる。１日の所定労働時間である８時間に達していないので残業代は不要。
そう考えると②のそもそも残業代は不要（残業の２時間はカウントなし）、との考えになってしまうかもしれません。

でも、そうすると２時間の残業をしているにもかかわらず、給料が発生しないことになります。それもおかしな話です。

ということで、③の残業代は必要だけど割増は不要。

２時間の残業はしています。
ですが、法定労働時間（８時間）以内であるため、所定残業（法定外残業）です。
正解は、２時間分の給料だけを払って25％の割増賃金は無しで良い、となります。

とはいえ、同じ残業でも割増賃金の25％をつける、つけないというのを１つ１つ計算するのは給与計算の際、事務作業として煩雑になります。
とのことで、残業をした分は全て25％の割増賃金を計算している会社も多いのではないでしょうか？ここでお示しした回答は、あくまで法律に則った最低基準。
それを上回るのは全く問題ないですし、現状としてそのように運用している場合は、残業２時間に対しても、割増賃金をつけて支給する必要があります。

【社員Bさんのある週の勤務状況】
・所定労働時間　１日８時間（月～金）、週40時間
・月曜日に有給休暇（８時間）
・火曜日に残業（４時間）
・水曜から金曜は定時で退勤

この場合、残業した火曜日の４時間の取扱いはどうなるでしょうか？
次の３つの中から選んでください。

①残業代の割増賃金（25％）が必要
②そもそも残業代は不要
③残業代は必要だけど割増は不要？

この場合、週の労働時間をみると、週の労働時間36時間（所定時間労働：32時間、残業4時間）となります。

・月曜　 ０時間（有給休暇）
・火曜　 12時間（所定労働時間：8時間＋残業:４時間）
・水曜　　8時間
・木曜　　8時間
・金曜　　8時間

先ほどの例から考えると、火曜の残業4時間を含めても週40時間以内になるので、法定外残業（所定残業）と思われるかもしれません。

法定労働時間は、１日８時間かつ週40時間。
週40時間以内であっても、１日８時間を超える残業は法定残業となります。

この場合は、火曜日の４時間に対する残業代は、４時間分の給与にプラスして25％の割増賃金が必要です。