有給休暇を取得した際「通常の賃金」から算出する方法を採る場合、就業規則ではこのような規定になっているかと思います。

『年次有給休暇の期間は、所定労働時間労働したときに支払われる通常の賃金を支払う。』
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　（厚生労働省　モデル就業規則）

とはいえ、通常の賃金とは、具体的にどの手当が当たるのかを法的に定めたものはありません。次の２つの根拠をもとに判断することになります。

１つ目は、法律の条文です。
労働基準法附則第136条では、有給休暇についてこのように定めています。

「使用者は年次有給休暇を取得した労働者に対して、賃金の減額その他不利益な取扱いをしないようにしなければならない」

有給休暇を取ることによって、給与面で不利にならないようにするということです。
ざっくりとした表現ですが、その日にいつも通り（所定労働時間）勤務していたとしたら、本来もらえるべき賃金は支払う必要がある。減額するのは適切ではないということです。

２つめは、裁判例です。

ある会社で、有給休暇を取得した際に「皆勤手当」を不支給としました。裁判所の判断は、「実費補償的性格の手当でない限り、年休制度の趣旨に反する」とし、皆勤手当の不支給は不合理としました。

こちらもざっくりとしているのですが、その手当が「実費補償的性格」のものであるかどうか
が判断のポイントになります

そう考えると、基本給以外の営業手当、家族手当、住宅手当、固定残業手当などの手当は、その日の所定労働時間勤務していたらもらえる給料になります。計算から除外するのは適切ではないと考えられます。

やや判断が難しいのは皆勤手当。文字通りの意味では、全て出勤した時の手当という意味になりますが、減額することは有給休暇を取ることで不利な取り扱いをしていることになります。さらに、裁判でも不都合とされていますので、皆勤手当も給料の計算に入れる必要があります。

通勤手当はどうでしょうか？「実費補償的な性格の手当」と言えます。
ですが、定期代相当額で支給している場合、減額することは有給休暇を取得することで不利益な取り扱いをすること当たる可能性があります。通勤手当も含めて支給するのが適切と考えられます。

一方で、出勤した日数によって実費を支払うとしている場合は、まさに「実費補償的な性格の手当」で、有給休暇を取得した時に支払わなくても不利益な取り扱いをしたことにはならないとの判断が妥当でしょう。

以上と簡単にまとめますと、月給の固定額にあたる手当は、欠勤控除せず本来の給与額を満額支給するのが適切となります。

残業手当や夜勤手当（深夜手当）は、その日にいつも通り（所定労働時間）勤務しているだけでは発生しない手当にと考えられます。なので、有給休暇を取得した時も特に計算することなく、本来の月給を減額せずに支給すれば問題ありません。

ただし、その日の所定労働時間が、もともと深夜労働の時間帯に当たる場合は、月給を減額せずに支給するだけでなく、その時間帯分の夜勤手当（深夜手当）をプラスすることになります。

さらに複雑なのはインセンティブです。インセンティブは、歩合給や出来高払いとも呼ばれています。

インセンティブ（歩合給・出来高払い）は、変動給ではありますが、本来の所定労働時間に勤務している中で発生する手当になります。
月給の固定額を減額せずに支給するだけでは、有給休暇取得日に勤務していたとしたら発生するであろうインセンティブ（歩合給）は支給されないことになってしまいます。インセンティブ（歩合給）に当たる額を計算して給料に加算することになります。

有給休暇を計算する際、インセンティブ（歩合給）はこのように計算します。

■１時間当たりのインセンティブ＝その月のインセンティブ÷その月（給与計算期間）の総労働時間

例をあげて計算してみましょう。

有給休暇を取った日が含まれる月（給与計算期間）
・所定労働時間：160時間
・残業時間：40時間
・総労働時間：200時間（160時間＋40時間）
・インセンティブ（歩合給）：20万円

　１時間当たりのインセンティブ　　20万円÷200時間＝1,000円

有給休暇を取得した日の所定労働時間が８時間であった場合、本来の月給（減額せずに支給）に、8,000円（1,000円×８時間）のインセンティブを加えた額が有給休暇の給料となります。